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En 2035, la surface de la Terre est devenue invivable pour l'humanité. Un virus mortel d'origine inconnue a tué 5 milliards d'humains en 1996 et a contraint les survivants — 1 % de la population mondiale — à vivre sous terre pour éviter leur contamination. Pour tenter de trouver un remède au virus, des scientifiques utilisent des prisonniers et les envoient dans le passé recueillir des informations sur la forme non mutée du virus. L'un d'eux, James Cole (Bruce Willis), considéré comme asocial, est choisi pour une expérience ayant pour but de l'amener en 1996. Il doit y recueillir des informations au sujet de ce virus, que les scientifiques pensent avoir été libéré par une organisation terroriste de défense des animaux, connue sous le nom d'« Armée des douze singes ». Cole, qui est régulièrement hanté par le rêve d'une poursuite et du meurtre par balle d'un homme dans un aéroport sous les yeux d'un petit garçon, sera gracié s'il réussit cette mission.

Il est d'abord envoyé trop loin dans le passé et arrive à Baltimore en 1990. Pris pour un fou, il est interné dans un hôpital psychiatrique où il fait la connaissance d'une psychiatre, le docteur Kathryn Railly (Madeleine Stowe), ainsi que d'un autre interné. Ce dernier, Jeffrey Goines (Brad Pitt) est le fils d'un scientifique qui travaille sur les virus et partisan de l'anticonsommation. Après une tentative d'évasion ratée, Cole est enfermé dans une cellule de contention mais en disparaît, à la stupéfaction des psychiatres. Il a en effet été rappelé dans son présent par les scientifiques. Ces derniers le renvoient dans le passé. Après une nouvelle erreur qui l'expédie brièvement au milieu d'une bataille de la Première Guerre mondiale en 1917, Cole arrive enfin en 1996 quelques semaines avant que n'éclate l'épidémie qui doit détruire presque toute l'humanité.

Schéma de la propagation du virus mortel dans le film. Propagation du virus telle qu'elle est décrite dans le film de Philadelphie à Pékin, en passant par San Francisco, La Nouvelle-Orléans, Rio de Janeiro, Rome, Kinshasa, Karachi et Bangkok. À son arrivée, il kidnappe le docteur Railly pour qu'elle le conduise à la recherche de Goines. Railly essaie vainement de convaincre Cole que cette histoire de virus et de voyage dans le temps n'est qu'une invention due à un trouble mental. Cole retrouve Goines, qui semble désormais s'être rangé et travaille avec son père, mais Goines nie avoir le moindre rapport avec le virus. Il rappelle à Cole que c'est lui-même qui lui avait parlé d'une éradication de l'espèce humaine en 1990. Cole est désormais convaincu d'être victime d'hallucinations et est rappelé peu après dans son présent. Pendant ce temps, Railly commence à penser que l'histoire de Cole est plausible quand une révélation de ce dernier sur l'issue hautement improbable d'un fait divers se réalise (Cole a en effet vécu ce fait divers en 1996 alors que lui-même était un enfant). Elle est définitivement convaincue en remarquant son visage sur une photographie de la Première Guerre mondiale, prise lors de son bref passage en 1917. Railly demande alors au père de Goines de prendre toute précaution afin que son fils ne puisse atteindre les échantillons mortels. Dans le doute, le père de Goines demande à Peters (David Morse), son assistant, de protéger ces souches.

Convaincu que les scientifiques de 2035 ne sont qu'une projection de son mental et qu'il vit bien en 1996, Cole réussit à s'y faire renvoyer. Il y retrouve Railly mais tous deux ont désormais des avis opposés de ceux de leur rencontre. Pour régler la question, Railly appelle le numéro que les scientifiques ont laissé à Cole pour les contacter, et laisse sur le répondeur un message vocal qui accuse hasardeusement l'Armée des douze singes d'avoir propagé l'épidémie. Ce message s'avère être celui que les scientifiques ont fait écouter à Cole en 2035. Conscients que le virus va effectivement commencer à se répandre d'ici quelques jours, et qu'ils n'ont aucune piste, Railly et Cole, devenus amoureux, décident de profiter du temps qu'il leur reste à vivre pour aller près de la mer en Floride. Ceci est possible car Cole s'arrache l'émetteur camouflé dans une dent, ce qui ne permet plus aux scientifiques de le localiser à travers le temps et le ramener de force en 2035.

Le couple planifie de prendre l'avion et apprend que l'Armée des douze singes est une organisation, bel et bien dirigée par Goines, mais qui défend les droits des animaux. Leur seul méfait est d'avoir libéré tous les animaux du zoo de Philadelphie. Arrivé à l'aéroport, Cole laisse un message avertissant les scientifiques qu'il ne reviendra pas et que l'Armée des douze singes n'a aucun rapport avec le virus. Pendant ce temps, Railly découvre par hasard que le vrai responsable de la propagation du virus est le docteur Peters. Ce dernier, avec sa valise pleine d'échantillons bactériologiques mortels, est sur le point de s'embarquer pour un tour du monde dont les escales correspondent exactement à l'ordre connu de la propagation du virus sur Terre. Cole tente alors d'arrêter Peters avant son embarquement mais il est mortellement blessé par un agent de la sécurité de l'aéroport. Alors qu'il agonise dans les bras de Railly, il voit un petit garçon spectateur impuissant et qui n'est autre que lui-même, l'enfant assistant à sa propre mort est le rêve récurrent qui le hantait. Peters et sa valise pleine de virus mortels monte dans l'avion et s’assoit à côté d'une femme se présentant sous le nom de Jones, disant travailler dans le domaine des assurances. L'on reconnait cette dernière comme l'une des scientifiques de 2035 qui ont envoyé Cole dans le passé. Ceci laisse penser que ces scientifiques vont pouvoir récupérer un échantillon du virus originel pour mettre au point un vaccin ou encore qu'ils complotent et manipulent le temps pour organiser eux-mêmes la fin du monde afin d'en prendre le contrôle.

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